สำนักงานคณบดี คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา เป็นหน่วยงานสายสนับสนุนที่มีฐานะเทียบเท่าภาควิชา มีบทบาทหน้าที่ในการดำเนินการส่งเสริม สนับสนุน และให้บริการงานด้านต่าง ๆ ตามวิสัยทัศน์ พันธกิจ และนโยบายการดำเนินงานของคณะและมหาวิทยาลัยในทุกด้าน ดำเนินการด้านงานธุรการ ส่งเสริมสนับสุนน และอำนวยการด้านการจัดการศึกษา การวิจัยและนวัตกรรม การบริการวิชาการ การทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม เป็นฐานข้อมูลด้านการบริหาร การติดต่อประสานงาน รวมทั้งอำนวยการงานบริการอื่น ๆ แก่หน่วยงานภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย เพื่อให้ภารกิจของคณะดำเนินไปด้วยความเรียบร้อยเป็นไปตามวัตถุประสงค์ เป้าหมาย และบรรลุผลตามวิสัยทัศน์ พันธกิจ เป้าประสงค์อย่างมีคุณภาพและประสิทธิภาพในทุกมิติ รวมทั้งเพื่อให้งานภายในหน่วยงานมีมาตรฐานและแนวทางในการยึดถือปฏิบัติเป็นไปในทิศทางเดียวกัน โดยสอดคล้องกับนโยบายของมหาวิทยาลัย และปฏิบัติงานอื่น ๆ ที่ได้รับมอบหมาย ภายในสำนักงานคณบดีแบ่งหน้าที่ความรับผิดชอบออกเป็น 3 ฝ่าย 7 กลุ่มงาน 19 งานหลัก ดังนี้

1 ฝ่ายบริการการศึกษาและพัฒนาการเรียนรู้

1) กลุ่มงานวิชาการ

• งานบริการการศึกษา (SD 514)
• งานพัฒนาคุณภาพหลักสูตร (SD 514)
• งานโครงการ วมว. (SD 109)

2) กลุ่มงานกิจการนิสิต

• งานกิจการนิสิต (SD 516)
• งานศิษย์เก่าสัมพันธ์ (SD 516)
• งานทุนการศึกษา (SD 516)

2 ฝ่ายวิจัยและบริการวิชาการ

1) กลุ่มงานวิจัยและนวัตกรรม

• งานส่งเสริมการวิจัยและนวัตกรรม (SD 516)

2) กลุ่มงานบริการวิชาการ

• งานบริการและถ่ายทอดเทคโนโลยี (CL 601)
• งานวารสารวิทยาศาสตร์บูรพา (BS 7201)

3 ฝ่ายบริหารและพัฒนาคุณภาพ

1) กลุ่มงานบริหาร

• งานบริหารทั่วไป (SD 504)
• งานนโยบายและแผน (SD 511)
• งานการเงินและบัญชี (SD 511)
• งานพัสดุ (SD 509)
• งานโครงสร้างพื้นฐาน (SD 512)
• งานเทคโนโลยีสารสนเทศ (SD 512)

2) กลุ่มงานทรัพยากรบุคคล

• งานบุคคล (SD 504)
• งานวิเทศสัมพันธ์ (SD 505)

3) กลุ่มงานกิจการพิเศษ

• งานบริการการเรียนรู้ (SD 115)
• งานโอลิมปิกวิชาการ สอวน. (SD 115)